Bruno Canard est directeur de recherche CNRS dans le laboratoire « Architecture et fonction des macromolécules biologiques » à Marseille, et son équipe travaille sur les virus émergents, dont le coronavirus. Ces travaux sont soutenus par la Fondation pour la Recherche Médicale.

Au cours de cette rencontre, j'ai échangé avec ce spécialiste des coronavirus sur ses recherches, mais surtout à travers ses travaux, sur la nécessité de soutenir la recherche fondamentale pour se préparer aux épidémies à venir. Il en a profité pour faire un point sur les avancées en termes de traitements et de vaccins contre la Covid-19.

Depuis quand Bruno Canard travaille sur les coronavirus ? Depuis l’épidémie de Covid-19 ?
Non, depuis des années !

L’entrée de son équipe dans le monde des coronavirus a commencé en 2002 par une découverte sur le virus de la dengue ! Qui n’est pas un coronavirus.

Son équipe a identifié une enzyme qui protège le matériel génétique du virus dans la cellule infectée.

La communauté scientifique des coronavirus s’est rendu compte que l’enzyme de la dengue était probablement également présente chez les coronavirus.

C’est pourquoi Bruno Canard a été invité à un congrès sur ces virus en Hollande en 2003 pour en parler.

A ce moment-là, l’épidémie de SRAS était déclarée.

Le SRAS, ou syndrome respiratoire aigu sévère, était lui aussi dû à un coronavirus, le SARS-CoV-1.

Tous les chercheurs présents au congrès se sont rapidement organisés pour faire face à cette épidémie et Bruno Canard s’est retrouvé embarqué dans cette nouvelle aventure.

A cette époque les états étaient généreux pour financer la recherche sur les virus émergents, mais ça n’a pas duré…

En effet, en 2004, Bruno Canard a reçu des financements importants de l’Europe pour étudier les structures et les fonctions des protéines les plus conservées entre plusieurs virus, dont le coronavirus, pour ensuite pouvoir modéliser et élaborer des médicaments.

Les chercheurs s’étaient dit que lorsqu’un nouveau virus apparaîtrait, il serait nécessairement proche de ceux qu’ils avaient étudiés.

Donc qu’ils seraient prêts à l’affronter !

Ce projet a été un gros succès européen, et a généré énormément de connaissances.

Mais comme le SARS-CoV-1 a finalement disparu de la circulation en 2004-2005, et que beaucoup d’argent avait été investi sur le vaccin, finalement pour rien, l’Europe et l’état français se sont alors désengagés de cette problématique de virus émergents à partir de 2008.

Et ça a été un enfer pour retrouver des financements.

A cette époque, l'émergence du séquençage à haut débit, notamment de génomes viraux, a capté beaucoup d'attention et de fonds mais les résultats ont davantage contribué à la détection et au suivi des maladies infectieuses plutôt qu'à leur traitement.

Et c’est navrant car si on prend l’exemple d’une des enzymes virales étudiées à l’époque et toujours aujourd’hui par Bruno Canard : la polymérase, l’enzyme qui réplique le matériel génétique du virus.

Eh bien cette enzyme est quasiment la même chez le SARS-CoV-1 et chez le SARS-CoV-2.

Donc si à partir de 2003, on s’était acharné à trouver des molécules actives qui bloquent la réplication du SARS-CoV-1, on aurait aujourd’hui des médicaments efficaces contre la Covid-19 ! 

L’option du médicament contre les virus émergents est à privilégier ?

C’est extrêmement important d’avoir un vaccin contre la Covid-19 bien sûr, et contre toutes les maladies à venir. La vaccination est essentielle.

Mais contrairement à un vaccin qui sera efficace sur un type de coronavirus connu à l'avance, un médicament antiviral s’attaquera aux parties conservées des coronavirus présents et à venir. 

Et c’est en étudiant le mode d’action et la structure des virus actuels que les chercheurs réussiront à produire les données nécessaires à l'élaboration d'un candidat médicament pour lutter contre tous les coronavirus. 

Où en est-on justement du développement de médicaments contre la Covid-19 et les futurs virus émergents ?

Aujourd’hui sur les 3 500 médicaments que les laboratoires ont essayé de repositionner, c’est-à-dire des médicaments existants et indiqués pour d’autre pathologies, aucun n’a donné de résultats concluants contre la Covid-19. 

Les médicaments efficaces seront donc des nouveaux médicaments développés au long cours et ils seront issus de la recherche fondamentale.

Et leur développement est en pleine effervescence !

La stratégie est d’agir sur 2 tableaux :

 d’une part sur le virus lui-même, car plus on réussira à réduire tôt sa multiplication dans l’organisme, moins il y aura d’effets graves ; 

et d’autre part sur l’orage cytokinique, cette inflammation délétère qui peut mettre en jeu le pronostic vital chez certains patients. 

Certains anticorps, notamment ceux de lamas, peuvent être utilisés comme antiviraux. 

Ces anticorps particuliers sont appelés « nanobodies » qui sont efficaces  in vitro pour neutraliser le spicule dans des cellules infectées par le SARS-CoV-2.

La protéine spicule, ou Spike, est la clé qui permet au SARS-CoV-2 de pénétrer dans les cellules, et c’est une des cibles de notre système immunitaire.

Les tests précliniques vont débuter.

Ce nanobody est extrêmement intéressant car il pourrait être administré par simple inhalation.  

Le problème du spicule, c’est qu’il varie d’un coronavirus à l’autre.

C’est pourquoi Bruno Canard s’intéresse à 2 protéines virales invariables : la polymérase et la protéase.

Une association anti-protéase et anti-polymérase ferait certainement un médicament efficace contre les coronavirus.

Concernant l’orage cytokinique, de nombreux laboratoires sont en train d’essayer de renforcer la réponse immunitaire naturelle avec l’Interféron.
 

Même si on comprend bien qu’un vaccin contre la Covid-19 ne pourra pas être efficace contre les prochaines épidémies liées à d’autres coronavirus, on sait aujourd’hui que certains d’entre eux sont très prometteurs. Ces vaccins ciblent quoi au niveau du virus ?  

Pratiquement tous ciblent justement cette fameuse protéine spicule, la protéine d’entrée du virus dans la cellule.

Ce qui diffère d’un vaccin à l’autre c’est simplement la manière dont le spicule est présenté à l’organisme pour qu’il s’entraîne à le reconnaître et soit prêt à se défendre.

Il y a des vaccins inactivés, des vaccins qui donnent le spicule directement sous forme de protéine, d’autres qui le présentent sous forme d’ARN comme ceux qui ont déjà prouvé une certaine efficacité. 

Théoriquement, on peut assez rapidement préparer à une épidémie, les hôpitaux, la population, mettre en place des diagnostics… mais quand on veut développer un médicament, c’est en s’appuyant sur la recherche au long cours, la recherche fondamentale, et cela prend des années.

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