Le variant Delta (dit "indien"), 60% plus contagieux qu'Alpha (le "britannique") pourrait supplanter ce dernier et devenir majoritaire d'ici la fin de l'été. Voici ce qu'il faut savoir sur cette souche apparue pour la première fois en avril en Inde, très présente dans les Landes et massivement répandue au Royaume-Uni.

L'incidence est bien plus élevée dans les Landes qu'ailleurs...
L'incidence est bien plus élevée dans les Landes qu'ailleurs... © Santé publique France

Avant un rendez-vous entre les différents chefs d'État de l'Union européenne et le secrétaire général des Nations unies à Bruxelles, Emmanuel Macron s'est exprimé jeudi sur le variant Delta en Europe, apparu pour la première fois en Inde. "Nous devons tous être vigilants parce qu'[il] arrive", a souligné le président de la République. "On le voit qui touche les personnes qui ne sont pas vaccinées ou qui n'ont qu'une seule dose, ce qui nous impose d'être encore plus rapide dans cette campagne de vaccination." Mais quelles sont les caractéristiques de ce variant ? À quelle vitesse se propage-t-il en France et dans le monde ? 

Jusqu'à 60 % plus contagieux que le variant Alpha (dit britannique)

Le variant Delta (21A/478K), lignage B.1.617, a été détecté pour la première fois en Inde à la fin de l’année 2020. Il est, selon le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), 40 à 60% plus transmissible que l'Alpha, le variant dit britannique, aujourd'hui majoritaire, qui était lui même 60% plus contagieux que la souche initiale. D'ailleurs, les modélisations de l'agence prévoient que Delta représente 70% des contaminations dans l'Union d'ici début août et au moins 90% d'ici la fin de l'été.  

Pour la plupart des épidémiologistes, dont Dominique Costagliola, directrice de recherche à l'Inserm, cela paraît d'ailleurs "très probable" que le variant Delta supplante la souche Alpha (dite "britannique"), actuellement la plus répandue. "Bien sûr, il va prendre le pas sur le variant britannique", confirme aussi Philippe Amouyel, professeur de santé publique au CHU de Lille, interrogé par franceinfo. 

Si, selon plusieurs études, les vaccins sont un peu moins performants contre le variant Delta que contre le variant Alpha et la souche historique, ils conservent un niveau d'efficacité élevé, à condition d'avoir reçu les deux doses. Selon le vaccin, la protection est ainsi de 92% à 96% contre le risque d'hospitalisation et de 60% à 88% contre la forme symptomatique du Covid provoquée par le variant Delta, montrent des données des autorités britanniques. 

Avec une seule dose, la protection contre la maladie est en revanche bien moindre (33% selon l'étude britannique). Face au variant Delta "une vaccination complète est nécessaire pour protéger les plus vulnérables", martèle le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies. Au Royaume-Uni, le rebond se fait par exemple "essentiellement au détriment des personnes non encore vaccinées". Plus un virus est contagieux, plus le niveau de vaccination nécessaire pour atteindre l'immunité de groupe.  

10,5 % des contaminations en France 

Si l'épidémie continue à reculer en France au niveau national, Santé publique France observe, dans son dernier point épidémiologique hebdomadaire, une progression de la détection du variant Delta, en augmentation importante et avec une forte hétérogénéité géographique. Il représente désormais "entre 9 et 10%" des nouveaux cas positifs en France, "proportion a priori comparable à ce que nous observons aux États-Unis et probablement en Allemagne", a indiqué le porte-parole du gouvernement, Gabriel Attal, à la sortie du conseil des ministres de mercredi. La semaine précédente, le ministre de la Santé avait évoqué une fourchette de 2 à 4%. 

Effectivement, du lundi 14 juin au dimanche 20 juin, sur 10 224 tests RT-PCR et antigéniques qui ont fait l’objet d’un criblage, la mutation L452R, portée notamment par le variant Delta, était retrouvée dans 10,5% des cas, indique SPF. Ce chiffre dépassait les 70% dans le département des Landes. Autre méthode de détection : entre la mi-avril et aujourd'hui, environ 290 cas d’infection par le variant Delta ont été confirmés par séquençage dans le cadre des enquêtes Flash (surveillance aléatoire de la circulation des variants) ou lors de situations spécifiques investiguées, dont une très large majorité en France métropolitaine. 

"La diffusion croissante de ce variant est suivie avec la plus grande attention, compte tenu de sa transmissibilité accrue par rapport aux souches virales de référence et au [variant] Alpha, d’une possible augmentation de la sévérité de l’infection et de données préliminaires en faveur d’une efficacité vaccinale légèrement diminuée, surtout lors d’un schéma vaccinal incomplet", indique Santé publique France. 

Landes, Bas-Rhin : plusieurs clusters dans l'hexagone 

Les trois régions ayant le nombre de cas de variant Delta confirmés le plus élevé sont actuellement la Nouvelle-Aquitaine, l’Île-de-France et Provence-Alpes-Côte d’Azur. Actuellement, le département avec l’incidence la plus élevée et en progression est celui où la proportion du variant Delta est la plus forte : les Landes. 

"Des cas sporadiques sont maintenant rapportés dans la majorité des régions métropolitaines, et on observe en conséquence une augmentation du nombre de clusters et de foyers de transmission localisée", note Santé publique France dans son dernier point épidémiologique. Dans les trois régions suscitées, mais aussi dans le Grand Est (Bas-Rhin) et en Auvergne-Rhône-Alpes (Isère). 

Dans les régions d’outre-mer, à ce jour, seule la Guadeloupe rapportait une chaîne de transmission limitée liée au variant Delta, confirmé par séquençage.

Présent dans au moins 60 pays

Aujourd'hui, comme ce fut le cas avec le variant Alpha, Delta est devenu le variant prédominant au Royaume-Uni, où il a été introduit en avril 2021. Selon les données de la base Gisaid, mises en avant par Le Monde, des séquences génomiques du variant Delta ont été répertoriées en Inde, aux États-Unis, en Allemagne, au Canada, à Singapour, en Belgique ou encore en Russie. C'est ce qu'illustre notre carte, basée sur les remontées dans la base Gisaid, même si ces dernières sont aléatoires et que les méthodes de détection (et leur efficacité) varie d'un pays à l'autre. 

Déjà plusieurs pays comme l'Indonésie, le Portugal, la Russie ou Israël connaissent une recrudescence de nouveaux cas, au moins en partie liée à la diffusion du variant Delta, et de nombreux autres craignent de leur emboîter le pas. Aux Etats-Unis, il est passé d'environ 10% le 5 juin à 35% des prélèvements positifs séquencés la semaine dernière. Une proportion comparable est observée en Israël.

Certains pays comme Israël ont déjà annoncé le retour de certaines restrictions, pour "prendre un seau d'eau et le verser sur le feu tant que celui-ci est encore limité", a justifié le Premier ministre Naftali Bennett.

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