Un laboratoire sibérien étudie les restes d'animaux vieux de plusieurs milliers d'années, récupérés dans le sol gelé, pour y trouver des paléovirus. Des virus dont la résurgence n'est pas écartée, en raison de la fonte des glaces.

En 2014, des chercheurs français ont découvert le Mollivirus, un virus géant, dans une carotte de glace de 30 000 ans en Sibérie.
En 2014, des chercheurs français ont découvert le Mollivirus, un virus géant, dans une carotte de glace de 30 000 ans en Sibérie. © AFP / IGS/CNRS

La pandémie nous a rendu un peu plus familier des virus. Ce qu'on connait moins bien, c'est leur histoire sur Terre, leur évolution au fil des millénaires. C'est l'affaire de la paléovirologie qu'un laboratoire russe annonce vouloir développer. Ses chercheurs vont analyser les restes d’animaux récupérés dans le permafrost, ou pergélisol en français, la partie du sol qui est en permanence gelée en Sibérie. 

Profitant d'un avantage géographique évident, le laboratoire public russe Vektor, basé en Sibérie, et l'université fédérale du Nord Est de Yakoutsk se lancent dans une recherche systématique de ces virus. Comme ils l'expliquent dans le Siberian Times, ils ont commencé par chercher dans la carcasse d'un cheval vieux de 4 450 ans, trouvée en 2009, ressorti du sol gelé à la faveur du réchauffement climatique. Des études suivront sur les restes d'un mammouth laineux, de chiens, d'élan, de perdrix et divers rongeurs. Une cinquantaine d'échantillons ont déjà été prélevés. 

Les premiers virus préhistoriques découverts en 2014

Avec l'augmentation globale des températures, depuis une vingtaine d'années, mammouths, rhinocéros laineux, lionceaux, cerfs, chiens refont surface. Des bêtes parfois vieilles de plusieurs dizaines de milliers d'années. "Ce sont des espèces qui ont été découvertes au cours des dix dernières années, et seules des études bactériologiques ont été menées sur elles", explique Maxim Cheprasov, chef du laboratoire du Mammoth Museum de l’université de Yakoutsk au Siberian Times.

Pour autant, les virus sont-ils encore présents ? Certains oui. Et ce sont des français qui les ont dénichés. En 2014, Chantal Abergel et Jean-Michel Claverie, du laboratoire Information génomique et structurale du CNRS et de l’université Aix-Marseille, découvrent Pithovirus et Mollivirus dans des carottes de glace de 30 000 ans prélevées près de Yakoutsk en Sibérie. Une famille de virus "géants", visibles au microscope optique.

Avec beaucoup de gènes aux fonctions pas forcément toutes comprises, ces virus, une fois ramenés en laboratoire, décongelés et réveillés, ont été capables d'infecter des amibes. En revanche, ni le Pithovirus ni le Mollivirus ne peuvent infecter l'homme ou l'animal, assure Chantal Abergel.  Son équipe publiera dans quelques mois plusieurs nouveaux virus découverts en Sibérie. "Aucun n'a plus de 30 000 ans", précise t-elle, sans pouvoir encore l'expliquer. 

Avec la fonte des glaces, faut-il s'inquiéter de la résurgence des paléovirus ?

Si longtemps après, peuvent-ils être encore actifs ? On peut en douter, d'une part car les virus ne se multiplient que s'ils réussissent à infecter un hôte et d'autre part, parce que, selon le virologue de l'Institut Pasteur, Jean-Claude Manuguerra, la décongélation du sol sibérien n'est ni contrôlée, ni linéaire. "La probabilité de les retrouver viables est faible. Il faudrait que la décongélation ait lieu en une seule fois", selon lui. Il se veut donc rassurant. 

D'où viennent-ils ces virus géants ? "Peut-être, sont-ils issus d'un mécanisme d'échappement d'organismes plus complexes" suggère t-il. Parce que les Mimivirus n'infectent que les amibes et que l'amibe est très éloigné de l'animal, il y a peu de chances que la barrière d'espèces soit franchie

Néanmoins, certains scientifiques estiment que la résurgence de ces virus préhistoriques n'est pas anodine et que la fonte du pergélisol doit alerter. En ce sens, la paléovirologie permettra de commencer un recensement des virus existants, d'étudier leur composition, d'analyser leur évolution et de les comparer avec les virus actuels. À ce jour, les plus vieux virus connus et apparentés aux actuels ne datent que du premier tiers du XXe siècle, indique Jean-Claude Manuguerra. C'est le cas du virus de la grippe espagnole dont un spécimen a pu être reconstitué à partir d'échantillons récupérés sur une Inuit morte de la maladie, à l'époque où la pandémie faisait rage. 

Les Russes veulent donc donner plus d'importance à cette discipline, en réalisant ces recherches. Le laboratoire Vektor est connu dans le monde entier parce qu'il est l'un des deux seuls à abriter le virus de la variole. À ce titre, il est équipé d'un laboratoire haute sécurité P4. Récemment, il a mis au point un vaccin anti-Covid.