D'après les résultats préliminaires de la deuxième "enquête flash" sur les tests PCR positifs, au moins 14% des malades de la Covid-19 en France sont touchés par un variant du virus. Ce taux varie fortement d'une région à l'autre.

Santé publique France révèle le détail des résultats préliminaires de la seconde "enquête flash" qui a permis d'estimer à 14% de nombre de malades positifs à la Covid-19 et touchés par un variant.
Santé publique France révèle le détail des résultats préliminaires de la seconde "enquête flash" qui a permis d'estimer à 14% de nombre de malades positifs à la Covid-19 et touchés par un variant. © AFP / Denis Charlet

C'est un paramètre que les autorités surveillent de très près. "Parce qu'ils sont plus contagieux", les variants "sont amenés à remplacer progressivement la Covid-19 dans la forme que nous connaissons" aujourd'hui, a alerté jeudi soir le ministre de la Santé, Olivier Véran. Actuellement, la part des malades atteints par ces nouvelles formes est passée d'environ 3,3% des testés le 8 janvier à 14% aujourd'hui, avec des taux supérieurs dans certaines régions, a indiqué le gouvernement lors de sa conférence de presse.

130 laboratoires, plusieurs dizaines de milliers de prélèvements

Dans son bulletin épidémiologique du 4 janvier dernier, Santé publique France révèle le détail des résultats préliminaires de la seconde "enquête flash" qui a permis d'estimer à 14% de nombre de malades positifs à la Covid-19 et touchés par une souche mutante du virus. Elle repose sur les remontées d'environ 130 laboratoires répartis sur 15 régions. 

Cette étude, dont les résultats sont encore incomplets (faible participation dans certaines régions, méthodes d'analyse différentes selon les laboratoires et les régions, nombreux séquençages encore en cours) montre toutefois que :

  • 14% de suspicions de variant anglais pour les 78 laboratoires utilisant les machines Thermo Fisher Scientific ;
  • 14,6% de suspicions de variant anglais, sud-africain ou brésilien pour 45 laboratoires utilisant une autre technique de repérage

Comme le montre notre carte, qui permet d'afficher les résultats des deux méthodes, ces premiers résultats viennent confirmer l’hétérogénéité régionale de la diffusion des variants, déjà constatée lors de la première "enquête flash". La Bretagne (33%), le Grand-Est (23,7%) et l'Île-de-France (18%) sont les régions les plus concernées par l'un des trois variants (méthode de criblage N501Y). Pour la méthode ne recherchant que le variant anglais (criblage TFS), l'Occitanie et l'Île-de-France arrivent en tête. 

Résultats partiels à lire avec précaution

Comme le précise Santé publique France, il s'agit là de suspicions de contaminations par l'un des variants, comptabilisées grâce aux tests PCR spécifiques mais les opérations de séquençage, encore en cours,pourraient faire évoluer la proportion de malades touchés par une souche mutante, le résultat final pourrait être inférieur à 14%. 

Il faut aussi lire avec la plus grande prudence les résultats de régions comme la Bretagne où les chiffres sont très élevés (33% des 137 prélèvements sont des suspicions de variants). Il est possible qu'un cluster soit inclus dans les résultats comptabilisés, ce qui ne signifie pas une circulation extrême dans toute la Bretagne. 

Néanmoins, concernant la diffusion des variants, "on est dans le début de l'ascension, sur le modèle de ce qu’il s’est passé en Angleterre, où il y a eu entre septembre et décembre une augmentation très importante de la proportion du variant", a estimé l'infectiologue et épidémiologiste Karine Lacombe, invitée d'Inter vendredi matin, rappelant que, selon les estimations, le variant dit "anglais", "deviendra majoritaire au début du mois de mars".  

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