Voici comment circule le coronavirus dans chaque région de France. Dans presque toutes les régions, le taux de reproduction du coronavirus augmente. Mais il n'est supérieur à 1 que dans cinq régions et les autorités se veulent rassurantes.

Le R effectif est calculé sur la base des résultats des tests PCR réalisés.
Le R effectif est calculé sur la base des résultats des tests PCR réalisés. © AFP / HL

C'est un chiffre très scruté depuis le début de l'épidémie de coronavirus : le R effectif, le taux de reproduction du virus. Autrement dit, combien de nouvelles personnes sont infectées par un seul malade. Selon le point épidémiologique hebdomadaire de Santé Publique France publié jeudi soir, ce chiffre, pour la métropole, est de 0,92 pour la dernière période observée, du 14 au 20 juin (il était de 0,88, toujours pour la métropole, la semaine précédente).

Il reste en dessous de 1, ce qui veut dire qu'un malade transmet le coronavirus à moins d'une nouvelle personne. L'épidémie continue donc de régresser. Mais ce chiffre national masque des disparités par région très fortes. 

R effectif par région métropolitaine, à partir des tests PCR positifs au coronavirus, du 14 au 20 juin 2020 (données Santé Publique France)

C'est en région PACA que le virus circule le moins, avec un R effectif de 0,67. Le R effectif le plus haut est enregistré en Normandie, avec 1,72. Au total au 25 juin, quatre régions métropolitaines ont un R effectif supérieur à 1. Pour ce qui est des régions Centre-Val de Loire (1,06), Auvergne-Rhône-Alpes (1,08) et Grand Est (1,01), Santé Publique France indique que ces estimations très légèrement supérieures à 1 sont "non significatives". Il est à noter que le R effectif donné par Santé Publique France est une estimation, et qu'il existe un intervalle de confiance, sorte de marge d'erreur, donné en parallèle. Par exemple, le R effectif de la région Grand Est est 1,01, mais l'intervalle de confiance va de 0,91 à 1,11.

À noter également que la région française la plus touchée reste la Guyane, avec un R effectif de 2,5. Touchée plus tard que la métropole, cette région connait une épidémie ascendante en ce moment. 

Evolution du R effectif par régions entre le 4 et le 25 juin (données Santé Publique France)

Depuis le début du mois, le R effectif a légèrement augmenté à l'échelle de la France métropolitaine, passant de 0,76 le 4 juin à 0,92 le 25 juin. Il reste sous le 1. Outre la Normandie qui est passé de 0,7 à 1,72 en trois semaines en raison de nombreux clusters, on observe une légère augmentation en Centre-Val de Loire et dans le Grand Est. En PACA en revanche, le R effectif a diminué sur la période, passant de 0,76 le 4 juin à 0,67 le 25 juin.

En Normandie, des clusters importants mais sous contrôle

Faut-il s'inquiéter particulièrement de la situation en Normandie ? "Ce n'est pas forcément inquiétant, selon Sophie Vaux, épidémiologiste à Santé Publique France, en charge de la surveillance du Covid-19. Quand un cluster est identifié, dans une entreprise par exemple où des cas positifs sont détectés, des grosses opérations de dépistage sont organisées, et on découvre des cas secondaires. Forcément, ça fait augmenter le R effectif." Sept clusters ont été identifiés en Normandie ces derniers jours, notamment au sein de familles dans l'agglomération de Rouen. Ce qui a en effet conduit l'Agence Régionale de Santé à mener une vaste campagne de tests.

L'important, c'est que le cluster "ne dérape pas", dit Sophie Vaux. En d'autres mots, qu'il soit assez contrôlé pour se limiter à la communauté de départ (entreprise, famille...), sans se propager à une partie plus large de la population. Selon Santé Publique France, les clusters en Normandie (et globalement en métropole) sont bien identifiés, et contrôlés. "Dans ces cas là, on a l'explication de l'augmentation du R effectif, donc ce ne sont pas des situations que l'on va qualifier d'alertes", détaille Sophie Vaux.

A contrario, Sophie Vaux souligne que la situation est bien différente en Guyane : "non seulement il y a des clusters, mais ils ont dérapé au-delà de la communauté de base. Donc là _le virus circule beaucoup plus activement_, on est dans une phase ascendante de l'épidémie." Le R effectif est en ce moment de 2,5 en Guyane, ce qui veut dire que 10 malades du coronavirus contaminent 25 nouvelles personnes. 

"On est pas à l'abri d'une reprise de l'épidémie"

Le R effectif n'est pas le seul indicateur à prendre en compte, selon Santé Publique France : "Si l'épidémie reprend, on verra des indicateurs augmenter très vite : les appels à SOS Médecins, les admissions aux urgences, le nombre de nouveaux cas positifs...", explique Sophie Vaux. Des indicateurs qui pour l'instant restent au vert selon les autorités sanitaires. 

Malgré tout, Santé Publique France insiste : le virus continue de circuler, et le respect des gestes barrière est indispensable. "On est pas à l'abri d'une reprise de l'épidémie,  insiste Sophie Vaux. Se laver les mains, porter un masque lorsqu'on est à moins d'un mètre d'une autre personne, ne pas faire de réunions avec un nombre trop important de personnes, tout ça est important pour éviter la reprise. Et des mesures de confinement." Des mots importants, alors que certains pays reconfinent localement, comme le Portugal dans la région de Lisbonne, ou l'Allemagne, où 600 000 personnes ont été reconfinées dans deux cantons du nord du pays cette semaine.

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