Bonne nouvelle : le R effectif vient de passer sous un seuil symbolique... C'est ce que nous apprend notamment l'application TousAntiCovid. Sauf que cet indicateur ne veut pas dire grand chose, nous explique Mircea Sofonea, spécialiste de la modélisation des maladies infectieuses à l'Université de Montpellier.

Parisiens portant un masque dans la rue en novembre 2020
Parisiens portant un masque dans la rue en novembre 2020 © AFP / Gabrielle Cézard / Hans Lucas

Pour l'épidémiologiste, s'il est totalement humain et compréhensible d'avoir envie de savoir précisément où en est l'épidémie, jour par jour voire heure par heure, il faut en fait se méfier d'indicateurs qui ne prennent tout leur sens que sur le long terme.

FRANCE INTER : Pourquoi ce calcul du taux de reproduction du virus (R effectif ou R0) peut-il être trompeur ? 

MIRCEA SOFONEA : "Il y a plusieurs façons de calculer cet indicateur. On peut détecter un cas lorsqu'on le dépiste. On peut le détecter lorsqu'il se présente aux urgences pour une suspicion de Covid. On peut encore détecter un cas lorsqu'il est hospitalisé et qu'on établit un diagnostic de Covid, ça peut être aussi une entrée en réanimation, un décès hospitalisé dont une des causes est le Covid. Donc il y a plusieurs types d'événements qui peuvent tous détecter un cas de Covid. Lorsqu'on fait un calcul qui repose sur la probabilité de transmettre tous les jours la maladie lorsque l'on est infecté, on peut en déduire, pour chacune de ces séries-là, un nombre de reproduction.

Celui donné par l'application Tous Anti Covid correspond en fait aux données de passages aux urgences pour suspicion de Covid. Mais ce n'est pas la méthode la plus couramment utilisée et considérée comme la plus fiable, qui serait plutôt celle des hospitalisations. Elles sont généralement beaucoup plus homogènes dans le temps et permettent de mieux apprécier l'évolution à court terme du nombre de reproduction. Les données des urgences, elles, sont plus variables, et ont tendance à avoir une variation plus importante avec des pics parfois plus importants."

Lequel de ces indicateurs est celui dont on parle le plus souvent dans les médias ou les points presse sur le sujet ?

"Celui qui est présenté par Santé publique France, depuis la fin juin, est celui sur le dépistage. Or on considère que les dépistages peuvent être brouillés, parce que vous avez un effort de dépistage qui n'est pas constant au cours du temps."

Pourquoi les pouvoirs publics donnent-ils ces chiffres et ces indicateurs s'ils ne sont pas si fiables que ça ?

"On a tendance à céder à la pression de l'immédiateté, d'avoir toujours envie de savoir où en est l'épidémie tous les jours. Et on peut comprendre cette envie-là ! Surtout lorsque l'on sait que c'est cette semaine qu'on doit avoir les données qui commencent à se consolider sur l'effet du confinement. Donc c'est sûr, il y a une attente. Mais justement, le problème de cette attente, c'est qu'elle a tendance à utiliser des données sur le court terme qui sont brouillées.

Une épidémie ne se propage pas de façon complètement lisse et déterminée. Il y a toujours des fluctuations, qui peuvent être dues à toutes les étapes intermédiaires entre l’événement de santé qui s'est vraiment produit et in fine, la notification et la publication de ces données-là. On sait depuis le mois de mars, par exemple, qu'il y a un effet week end : toutes les données ne sont pas reportées le samedi et le dimanche, il y a un rattrapage le lundi et le mardi. Il y aura certainement un effet 11 novembre. Si vous rajoutez à cela le fait que la méthodologie a pu changer au cours du temps, vous avez toujours des fluctuations, d'un jour sur l'autre, qui en fait sont davantage du 'bruit'. Et c'est pour ça qu'il faut lisser ces données-là, et se donner le temps avant de les interpréter."

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