Si le variant anglais du SARS-CoV-2 est dans tous les esprits, la communauté scientifique observe également avec attention une autre mutation, qui risque de diminuer l'efficacité des vaccins.

La mutation E484K diminue la reconnaissance du virus par les anticorps, et donc sa neutralisation
La mutation E484K diminue la reconnaissance du virus par les anticorps, et donc sa neutralisation © Getty / Radoslav Zilinsky

À l'heure où la France commence à traquer le variant britannique du SARS-CoV-2 (qui concerne 1% des cas comptabilisés par Santé Publique France), une autre mutation suscite des inquiétudes. Baptisée E484K, elle a été identifiée sur deux variants, l'un ayant émergé en Afrique du Sud, l'autre au Japon mais sur des voyageurs arrivant du Brésil. Si elle ne semble pas donner lieu à des formes plus graves de la maladie, cette mutation génère une certaine fébrilité chez les scientifiques car elle rend le vaccin moins efficace. Explications. 

Des combinaisons plus efficaces que d'autres

Le nouveau variant identifié en octobre en Afrique du Sud se comporte comme son alter ego britannique. En quelques semaines, il a fait bondir les contaminations en Afrique australe, où il domine désormais avec entre 60% et 75% des infections. Pour autant, il ne rend pas plus malade, et n'est pas plus mortel, selon les premières études publiées. 

À l'heure actuelle, un triplet de mutations attire l'attention : sans que l'on sache encore si c'est individuellement ou ensemble, elles donnent un avantage aux variants qui les portent. 

Pour y voir plus clair, il faut savoir qu'à ce jour, 12 000 mutations ont à ce jour été identifiées, classées en 7 groupes de variants (des clades). Selon François Balloux, professeur au département de génétique, environnement et évolution au University College of London, "des combinaisons de mutations" pourraient se révéler plus efficaces que d'autres. C'est pourquoi certains variants, par leur similarité, semblent en train de prendre le dessus sur les autres. C'est le cas du "sud africain", du "britannique" et du "brésilien".

Diminution de la reconnaissance du virus par les anticorps

Ces mutations se situent sur la protéine spike, celle qui agit comme une bande velcro pour le virus, lui permettant de s'attacher à nos cellules avant d'y entrer pour les infecter. Or, l'une de ces mutations (N501Y) agit comme le ferait un super velcro. Tandis qu'une autre, la E484K, diminue la reconnaissance du virus par les anticorps - et donc, sa neutralisation. Un phénomène observé en laboratoire grâce à des analyses réalisées sur le plasma de personnes ayant contracté le Covid : le virus se joue de l'immunité après 45 jours.

Une nécessaire adaptation des vaccins

Cela ne manquera pas d'avoir un impact sur la vaccination. "Chez certaines personnes, il  va y avoir une moindre efficacité du vaccin, qui va être étudiée et caractérisée. Mais les vaccins vont s'adapter, et une nouvelle génération va arriver afin de prendre en compte ce mutant" explique, tout en se montrant rassurant, Bruno Canard, directeur de recherche au CNRS et spécialiste des coronavirus.

C'est parce qu'il faut aller plus vite que les mutants (dont celui apparu au Brésil et désormais dominant à Manaus) que la campagne de vaccination a des allures de campagne contre la montre. "Cela se joue entre les variants, les mutants et les connaissances scientifiques que nous acquérons", précise Bruno Canard. 

Les virologues sont encore loin de tout comprendre au SARS-CoV-2. Pourquoi par exemple, en Grande Bretagne alors que le port du masque est généralisé, a-t-on assisté à une flambée de l'épidémie depuis le mois de novembre ? En toute logique, le respect des mesures barrières devrait faire baisser le nombre de contagions. Or ce n'est pas ce qui est observé. 

Au Danemark, le variant britannique (134 cas à ce jour) pourrait devenir dominant mi-février. En France, certains pensent que l'épidémie va prendre la même tendance puisque de nombreux cas ont déjà été répertoriés. D'autres estiment que la présence de la mutation E484K (absente du variant britannique mais présente chez le sud africain et le brésilien) pourrait donner l'avantage aux virus qui la portent. 

Si ces mutants ont la capacité de faire tomber certaines lignes de défense immunitaires, le vaccin a quand même une efficacité, estime François Balloux. Du moins si l'on vaccine vite et beaucoup. Car dans le cas contraire, dans le match virus/vaccin, le premier pourrait gagner, obligeant les laboratoires à revoir leur formulation. Avec la technique de l'ARN messager, cela sera possible assez rapidement. On s'orienterait alors vers un nouveau sérum régulièrement fabriqué, à l'image du vaccin contre la grippe chaque hiver.